1.  贯彻执行国家关于医药行业的方针、政策、法规、制订医药工作的实施措施。 
2.  组织编制全市医药行业中长期发展规划和年度指导性计划并组织实施。
3.  负责医药行业外商投资企业的审查及批复工作。
4.  负责医药行业技术改造项目的管理、审查和论证工作。
5.  负责指导医药行业的企业管理，企业改革改制的前期审查工作，负责国有医药企业国有资产的监管工作。
6.  培育发展和完善医药市场体系，规范市场行为、规划市场布局，维护行业公平竞争秩序。
7.  负责全市药品储备工作，提出全市药品储备品种、数量及轮换意见，对承储企业进行监督、检查，负责灾情、疫情、军需、战备药械的紧急调度。
8.  负责中药材扶持资金计划管理和基地建设，组织实施中药产业现代化工作。
9.  实施“科技兴药”战略，制订行业科技发展规划，负责医药行业的科学技术研究，重点医药科技项目的攻关协调及科技成果鉴定推广，指导管理新药开发研究实施。
10. 负责医药中间体生产项目的建设，制定医药中间体的产业发展规划。
11. 负责全市甘草、麻黄草和麻醉药品的专营和全市年度计划的编报工作。
12. 指导全市医药系统企业信息化建设，负责电子计算机及电子商务在行业的推广应用；负责全市医药行业统计信息工作和全市医药信息收集、整理、分 析和生产调度工作。
13. 加强全市医药系统干部队伍的建设，计划、实施专业岗位培训，强化人才管理。
14. 负责对执业药师（含执业中药师）及专业技术人员的资格考试和聘用工作。
15. 负责指导全市医药系统的精神文明建设。
16. 完成市委、市政府交办的其它工作。